Az „Immunológia alapjai” kötelező tantárgy oktatása 1991 óta folyik az orvostanhallgatók és biológia szakos hallgatók számára a Pécsi Orvostudományi Egyetemen majd a PTE-n. A tanterv szemeszterenként 28 tantermi előadást és 14 x 2 óra laboratóriumi gyakorlati foglalkozást tartalmaz. A tantárgy tematikája felöleli a legfontosabb immunológiai folyamatokat, azok molekuláris és sejtes résztvevőit, tárgyalja a fiziológiás immunválasz szabályozását, és röviden bemutat néhány alapvető immunpatológiai vonatkozást is. Gyógyszerész és a biológus hallgatóknak az Immunológia Alapjai tantárgy 28 előadás keretében kerül oktatásra. Fogorvostan hallgatóknak ugyancsak 28 előadásban hangzik el a Fogorvosi Immunológia specializált oktatása. A vizsgáztatás írásbeli teszt formában zajlik.
Az Intézet tudományos minősítéssel rendelkező oktatói évről-évre kreditpontos kötelezően választható, ill. választható tantárgyakat oktatnak pl. az Immunpathológia, az Immunológiai laboratóriumi diagnosztika, az Evolúciós immunológia, az Allergológia és az Őssejt-biológia/Regeneratív medicina tárgykörében. A Biotechnológus mesterképzésben is számos tantárgyat az Intézet oktat.
Az Intézetben intenzív a Tudományos Diákköri tevékenység: az évek során számos pályamunka és az országos konferenciákon díjazott előadás született. A kutatói-oktatói utánpótlást a legtehetségesebb diákköri tagok jelentik hagyományosan.
Az Intézet saját doktori alprogrammal rendelkezik, az országban elsők között volt a PhD képzés beindításában. Az intézeti doktori program elméleti és módszertani kurzusokat tartalmaz. Az elméleti kurzusok során a doktorandusz hallgatók betekintést nyerhetnek a molekuláris és sejtes immunológia aktuális kérdéseibe, a módszertani kurzusok alatt pedig elsajátíthatják a legújabb immunológiai technikákat. Az utóbbi évtizedben sok doktorandusz hallgató vett rész a kurzusokon, különösen a módszertani blokk népszerű. Az 1993-2016 közötti időszakban az Intézetben 23 sikeres PhD védés történt, valamint 4-en szereztek szakorvosi minősítést. Az Intézet oktatói rendszeresen tartanak felkért előadásokat országszerte, más intézmények által szervezett klinikai immunológiai és immunbiológiai kurzusokon.