Az Immunológiai és Biotechnológiai Intézet 1991-ben alakult a Pécsi Orvostudományi Egyetem önálló oktatási, kutatási és laboratóriumi diagnosztikai egységeként (eredetileg „Immunológiai és Biotechnológiai Laboratórium” néven). Az előzményeket az a molekuláris és sejtes immunológiai kutatási és kutatás-fejlesztési tevékenység jelentette, amely az 1980-as évek elején kezdődött a Kórbonctani Intézetben, Németh Péter munkacsoportjában. Az oktatási tevékenység előzményei az 1981 és 1991 között, Németh Péter által – „speciál-kollégium” formájában - rendszeresen (általában a kollégiumi klubban) tartott, kötetlen előadásokra nyúlnak vissza. Az immunológia és immunpathológia aktuális kérdései iránt érdeklődő orvostanhallgatók körében ezek nagyon népszerűek voltak és a munkacsoport tudományos diákköri utánpótlását is jól szolgálták. Az előadásokat később Szekeres György, Bebők Zsuzsa, Berki Tímea és Balogh Péter, a kutatócsoport első tagjai, egészítették ki. A két fő szakmai irány, a nemzetközi szintű kutatás és a szisztematikusan fejlesztett oktatás, a sikeres pályázati támogatásokkal kiegészülve tették lehetővé, hogy viszonylag rövid idő alatt, 1981 és 1991 között a kutatócsoport egy új, jól felszerelt, önálló intézetté fejlődhetett a Pécsi Orvostudományi Egyetem keretei közt.
Az Immunológiai és Biotechnológiai Intézetben a kezdetektől fogva jelentős innovációs és kutatás-fejlesztési munka is folyt, középpontban a monoklonális antitestek hibridóma technikával történő előállításával. 1981 óta kb. 250 új hibridóma készült az Intézetben, főleg saját kutatási célokra, de diagnosztikai és kereskedelmi célokra is. A monoklonális antitestek fejlesztése mellett több elméleti témában is sikerült új eredményeket elérni és azokat rangos nemzetközi folyóiratokban publikálni. A kutatócsoport önállósodása a Kórbonctani Intézetben az 1980-as évek közepén kezdődött, a teljes függetlenséget 1991-ben, mint Immunológiai és Biotechnológiai Laboratórium érte el, az „Immunológia alapjai” (Basic Immunology) tantárgy oktatásának bevezetésével orvostanhallgatók és biológia szakos hallgatók számára magyar és angol nyelven. A hazai tudományos minősítési rendszer átszervezése, 1993-óta működik sikeres doktori (PhD) képzés az intézetben. A hivatalos név 1996-ban „Immunológiai és Biotechnológiai Intézet”-re változott és ezzel egy-időben Németh Pétert kinevezték professzorrá és az Intézet első intézet igazgatójává (ezt a posztot 2013-ig töltötte be).
Az Intézet megalakulásától kezdve céljának tekintette a klinikai és az elméleti immunológia integrálását, ezért aktív kapcsolatokat alakított ki a régió gyógyító helyeivel. A személyes jó kapcsolatokon és tudományos együttműködéseken túl fokozatosan bekapcsolódott az immunológiai diagnosztikai tevékenységbe, kezdetben egy-egy új módszer bevezetésével és konzultációkkal. A Berki Timea professzor asszony által megszervezett és 2008-tól a NAH akkreditáció alapján rutinszerűen végzett labordiagnosztikai szolgáltatás nemcsak a pécsi klinikák igényeit elégíti ki, hanem a szélesebb régió immunológiai és rheumatológiai osztályai és szakambulanciái részére is folyamatosan végez diagnosztikai szolgáltatást. Ehhez kapcsolódóan, mint akkreditált képzőhely, a szakorvosképzés is folyamatossá vált.
Az Orvosi Biotechnológiai (Medical Biotechnology MSc) mesterképzés megszervezésével és szakká válásával (amely Pongrácz Judit professzor asszony nevéhez kötődik elsősorban), valamint a laboratóriumi diagnosztika gyors fejlődésével az infrastruktúra a 2010-es évekre elégtelenné vált és - ismét a munkatársak hazai és nemzetközi pályázati aktivitásának köszönhető nagyberuházással – egy lényegesen nagyobb, felújított épületbe költözött az intézet. Itt kapott helyet az SPF (kórokozó mentes) állatház, amely akkreditációval rendelkezik genetikailag módosított (transzgenikus) laboratóriumi egerek tartására is.
A korszerű infrastruktúra és az évtizedek során felhalmozódott tapasztalat tette lehetővé, hogy az Immunológiai és Biotechnológiai Intézet keretében létrejöhetett az Orvosi Biotechnológia nem-önálló tanszék Balogh Péter professzor vezetésével, aki 2017-ben átvette a Pécsi Tudományegyetem Általános Orvostudományi Kar Biotechnológia Szakának vezetését is.
Az Immunológiai és Biotechnológiai Intézetben a fejlett technikai háttér mellett a sejt és molekuláris biológiai módszerekben jártas, jól képzett dolgozók biztosítják a magas színvonalú kutató munkát és az immundiagnosztikai tevékenységet, valamint a magyar-angol-német nyelven történő graduális oktatást, a doktori (PhD) és a szakorvos képzést.
Az Immunológiai és Biotechnológiai Intézet 2016-ban a bőrgyógyászat, a rheumatológia, a neurológia és a szívgyógyászat szakembereivel ás klinikáival közösen megalakította az Immunológiai Kiválósági Centrumot. A PTE, KK vezetőségének döntése alapján az Immunológiai és Biotechnológiai Intézet a 2016-ban végzett kiemelkedő szakmai teljesítményének elismeréseként "Az év kiemelkedő intézete" kitüntető címben részesült.